submoduleの削除

.gitmodulesファイルから該当する行を削除

[submodule "path/to/hoge"]
path = path/to/hoge
url = git://github.com/hoge/hoge.git

.git/configファイルから該当する行を削除

[submodule "path/to/hoge"]
url = git://github.com/hoge/hoge.git

で

% git rm --cached path/to/hoge
% git commit